Sujeto y predicado

Sí, romperlo funciona como sujeto de la oración principal porque concuerda en número y persona con el verbo llevaba. Es como decir Eso llevaba más tiempo del que había pensado. Note que el infinitivo en esta oración tiene categoría de sustantivo (el romperlo), razón por la que romperlo puede ser núcleo del sujeto. A su vez, hay un pronombre personal tácito (yo, él o ella), sujeto de la oración subordinada que había pensado.