Referencia temporal en uso de oraciones subordinadas

Qué tal, quisiera saber cómo se referencian desde el punto de vista temporal las construcciones que emplean subjuntivo en la oración subordinada. No me refiero a la concordancia verbal, sino a cuándo usarlas. Tomando como ejemplo las oraciones condicionales con si, estas se utilizan para casos hipotéticos pasados o presentes con mayor o menor posibilidad de realización, ¿existe alago similar para con el resto de las oraciones subordinadas?, por ejemplo, ¿cuándo decir «Prefirió que llamaran...» y cuándo decir «Prefirió que hubieras llamado...»?Un cordial saludo