Comas ante preposiciones

En mi trabajo, me corresponde frecuentemente realizar correcciones de textos. He observado que, mientras algunos autores siempre ponen coma antes de una preposición ("Te he llamado, para que respondas."), otros casi nunca lo hacen ("Te he llamado para que respondas."). Mi sentir es que la coma se debe usar cuando la preposición introduce aposiciones o frases subordinadas ("Partimos por la madrugada, para no despertar a mamá."), mientras que no debe ponerse cuando la preposición forma parte de una especie de sustantivo compuesto ("máquina de coser"); sin embargo, hay casos que parecen no caer en una u otra categorías y parecen ambiguos. ¿Cómo determinar el uso de la coma ante una preposición?