¿Cual de estas oraciones es correcta?

Precisamente, al ser una oración impersonal, carece de sujeto; en este caso se diría «Había muchos libros sobre la mesa». En estas oraciones el verbo «haber» aparece en 3.ª persona del singular, independientemente del número de cosas o personas de que se hable: «Hay una casa en el fondo, hay muchas personas que pasean, hay un perro y dos niños que están quietos, hay un árbol y hay montones de flores.» «Había muchos libros sobre la mesa». «Hubo una guerra, hubo muchos muertos, hubo gente que huyó». En el uso, sí se da el caso de atribuir al verbo impersonal las características de lo que sería el sujeto, así, del pensamiento «Hubo una guerra, murieron muchos» —> se pasa a la expresión: «Hubo una guerra, hubieron muchos muertos». Es normal que suceda, pero en la oración impersonal, en el uso formal, no varía la persona verbal: 3.ª persona del singular: hay, había, hubo.