¿Imperativo o subjuntivo?

Ambas formas verbales son formas de tercera persona del singular del presente del modo subjuntivo. Están empleadas con valor desiderativo o de ruego, que es justamente uno de los usos propios del modo subjuntivo. No obstante, la segunda forma, alégrese, puede interpretarse como un deseo, esperanza o ruego (deseamos/esperamos/rogamos que se alegre Dios en sus obras) o como un mandato expresado en tercera persona del singular (¡alégrese Dios en sus obras!, tal como ¡alégrate tú en tus obras!, ¡alégrese usted en sus obras!, etc.).