Alfabetización de apellidos

¿Es incorrecto alfabetizar un apellido con preposición de la siguiente manera: " Antonio Gómez, Fernando de"?. Cuando alfabetizo el nombre y apellidos de los alumnos del colegio, sigo la norma de no tener en cuenta las preposiciones y artículos que forman parte del primer apellido y escribirlos en minúsculas detrás del nombre. Sin embargo,la madre de un alumno me ha devuelto un documento indicándome que su hijo no se llama "Fernando de".Gracias por su atención